นพรัตน์เกิดที่จังหวัดแพร่ เขามีโอกาสได้เล่นให้กับทีมของโรงเรียนในการแข่งขันหลายรายการ ต่อมาเขาได้เซ็นสัญญาอาชีพกับสโมสรฟุตบอลทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ ก่อนที่จะได้ย้ายไปเล่นให้กับไทยฮอนด้า[2]

ในวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2560 การแข่งขันไทยลีก นัดที่ไทยฮอนด้าเปิดบ้านพ่ายแพ้ต่อสุโขทัย 0–1 นพรัตน์พลาดท่าไปทำฟาล์วหนักใส่จอห์น บักจีโอ กองหน้าของสุโขทัย ทำให้นพรัตน์ได้รับใบแดงไล่ออกจากสนาม[3] โดยเขากล่าวว่า เขาไม่ได้มีเจนตาทำร้ายร่างกาย[4] อย่างไรก็ตาม คณะกรรมการพิจารณาวินัยมารยาท สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้ตัดสินให้นพรัตน์ต้องจ่ายค่าปรับสี่หมื่นบาท พร้อมกับโดนห้ามไม่ให้ลงแข่งขันสามนัด[5] ต่อมาในวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2560 นพรัตน์ถูกสโมสรไทยฮอนด้ายกเลิกสัญญา อันเนื่องจากเหตุการณ์ที่เขาไปทำฟาล์วใส่บักจีโอ ทำให้สโมสรเสื่อมเสียชื่อเสียง[6]

ในวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2560 นพรัตน์ย้ายไปเล่นให้กับพัทยา ยูไนเต็ด พร้อมกับเพื่อนร่วมสโมสรเก่าอีกสองคน ได้แก่ สันติธร ลัทธิรมย์ และภีมวิชช์ ทองนิธิโรจน์[7][8] เขามีส่วนช่วยให้พัทยาทำผลงานได้ดีขึ้น โดยเฉพาะในด้านเกมรับ[9] ต่อมาหลังจบฤดูกาล 2561 พัทยา ยูไนเต็ด ได้ทำการเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็นสมุทรปราการ ซิตี้ และย้ายสนามเหย้าไปที่สนามกีฬาการกีฬาแห่งประเทศไทย บางพลี[10][11][12] ซึ่งนพรัตน์ยังคงเล่นให้กับสโมสรต่อไป

ในวันที่ 19 กรกฎาคม พ.ศ. 2562 นพรัตน์ได้ย้ายไปแอร์ฟอร์ซ ยูไนเต็ด ในไทยลีก 2 ซึ่งเป็นการย้ายตัวสลับกันกับทวีคูณ ทองอ่อน ที่ย้ายไปเล่นให้กับสมุทรปราการแทน[13]